Representante de la ilustración en el Reino de Quito y precursor de la independencia, nacido en Quito el 21 de febrero de 1.747. Hijo legítimo de Luis Chusig, que en idioma kichwa significa Lechuza. Sus primeros años fueron de duro trabajo al lado de su padre, haciendo observaciones en el hospital. De él recibió las primeras letras, luego estudió en la escuela de los dominicanos y entre 1.759 y el 1762 fue alumno de los Jesuitas.
A la edad de 15 años, trabajó como criado o paje con el Fraile Betlemita José del Rosario, director del Hospital de la Misericordia de Nuestro Señor Jesucristo. Su relación con la medicina y el hospital le favorece para que asuma la responsabilidad de barchilón, administrador y cirujano de dicho centro. Debido a su nivel de conocimientos, también fue cirujano y médico de los conventos dominicano y Agustino con un salario mensual de 50 y 100 pesos. Hacia 1.774 contrajo matrimonio con María Catalina Aldáz y Gordillo, vecina de la casa del Hospital de San Juan de Dios en la calle larga.
Impulsado y animado por Juan Pío Montufar, viajan a Bogotá y conforman la Sociedad Patriótica en 1792, año en que nace también el periódico «Primicias de la Cultura de Quito», el primer periódico publicado en la ciudad, mediante el cual se divulgaron ideas de libertad, el incentivo a la educación, la igualdad de derechos y otros principios de los pensadores del siglo XVIII. Sus ideales y convicciones le llevan a realizar su último acto del cual será victima de su tragedia, la madrugada del 21 de octubre 1794. Los transeúntes que acudían a las misas tempranas habían leído los estandartes en latín colocados en las cruces con la frase que traducida al castellano dice “libres seremos bajo la Cruz salvadora después de haber alcanzado el propósito Santo de la gloria y felicidad”
Espejo fue acusado de varias intensiones subversivas, para lo cual las autoridades realizaron numerosas pesquisas sin poder precisar las sublevaciones, pero en 1895 una confidencia imprudente de su hermano sacerdote a su amante Francisca Navarrete, hizo que la torpe mujer se las contara a su hermano el fraile franciscano Vicente Navarrete, que habló del asunto con su cófrade el Padre La Graña, para quien Espejo había escrito antes un Sermón, y éste, junto con el mercedario Mariano Ontaneda, decidieron llevar el asunto al Dean Pedro Mesía, que inició un sumario eclesiástico contra Juan Pablo Espejo y de allí pasó el asunto a la justicia civil que encontró culpable a Eugenio Espejo llevándolo a la cárcel. Defendido por el Dr. Juan de Dios Morales, de vez en cuando se le abría las puertas para atender algún enfermo distinguido que requería sus servicios, pero era tan malsano el ambiente donde estaba recluido que enfermó de gravedad, posiblemente de amebiasis y disentería. El 20 de diciembre le dejaron salir a la casa en el Mesón donde vivía con su hermana, el 26 de ese mismo mes se le otorgó testamento ante el Escribano Mariano Mestanza y falleció el día 27 de diciembre de 1795 a los 48 años de edad, siendo enterrado al día siguiente en la ermita de San José de la recolección mercedaria del Tejar.
El pintor ecuatoriano de inicios del siglo XX, Pedro León, retrata a Eugenio Espejo en un escenario del centro histórico de la ciudad de Quito, relacionado con el lugar donde frecuentaba para atender a los enfermos; el espacio arquitectónico recrea parte de la fachada del histórico hospital San Juan de Dios, el Arco de la Reina, que muestra la puerta de la capilla que guarda la sagrada imagen de la Reina de los Ángeles del Cielo. Retrato costumbrista influenciado por la época que vivió el personaje, pero de estética impresionista que muestra la cromática compositiva, representado de medio cuerpo con traje en chaqueta negra y camisa blanca de cuello alto, gallardo y de mirada firme. Al fondo de la arquitectura cierra la composición con la loma del Panecillo.